La Fédération des Jeunes et Etudiants chrétiens Francophones a défini une charte que toutes les Églises des associations membres s'engagent à respecter. Il y figure un certain nombre de convictions basées sur l'Évangile dont, notamment la reconnaissance du salut comme une œuvre de la grâce et non des œuvres. Cependant, chacune des Églises des associations membres de la fédération conserve sa liberté sur ses spécificités et son identité, aussi bien théologique que pratique. Les Églises conservent leur appartenance confessionnelle propre et le fonctionnement ecclésiologique auquel elles sont attachées. Par exemple, elles n'ont pas toutes la même conception du baptême ni les mêmes modes d'organisation ecclésiale.