Le Conseil de la Fédération des Jeunes et Etudiants chrétiens Francophones est composé de 56 Conseillers à raison de deux représentants par pays membre. Il se réunit deux fois par an. Il est présidé par le Président actuel, l’Evangéliste Paul Atsou Kekeh ChMed depuis le 18 Décembre 2023. Le président est élu pour un mandat de trois (3) ans renouvelables. Cette élection se tient dans la troisième semaine de Janvier lors d’un assemblé général. La fédération dispose également de :